İl Müdürlüğü; Tarımsal Altyapı ve Arazi Değerlendirme Şube Müdürlüğü,  Hayvan Sağlığı, Yetiştiriciliği ve Su Ürünleri Şube Müdürlüğü, Bitkisel Üretim ve Sağlığı Şube Müdürlüğü, Gıda ve Yem Şube Müdürlüğü, Koordinasyon ve Tarımsal Veriler Şube Müdürlüğü, Kırsal Kalkınma ve Örgütlenme Şube Müdürlüğü ve İdari ve Mali İşler Şube Müdürlüğü olmak üzere toplam 7 adet şube Müdürlüğünden oluşmuştur. Ayancık, Boyabat, Dikmen, Durağan, Erfelek, Gerze, Saraydüzü ve Türkeli olmak üzere tüm ilçelerde İlçe Müdürlükleri vardır.

İl Müdürlüğünün İl Merkezinde 3 katlı idare binası, 2 katlı sosyal tesisleri ve 22 yataklı 1 adet misafirhanesi ile 3 blok halinde 20 dairelik lojmanı mevcuttur. İlçelerden Ayancık ve Gerze İlçe Müdürlükleri kendi binalarında, Durağan ve Erfelek İlçe Müdürlükleri Hükümet Konağında, Boyabat İlçe Müdürlüğü İl Özel İdaresine ait binada, Saraydüzü İlçe Müdürlüğü Köylere Hizmet Götürme Birliğine ait binada, Dikmen İlçe Müdürlüğü özel şahsa ait binada, Türkeli İlçe Müdürlüğü ise Belediyeye ait binada hizmet vermektedir.